Sposób przyjmowania i załatwiania spraw regulują w szczególności następujące przepisy:

•  ustawa z dnia 29 sierpnia 1997r. Ordynacja podatkowa / jednolity tekst Dz. U. z 2012 r. poz. 749 ze zm.)

•  ustawa z dnia 14 czerwca 1960r. Kodeks postępowania administracyjnego / jednolity tekst Dz. U. z 2013 r., poz. 267 /.

Do postępowania kontrolnego w zakresie nieuregulowanym w ustawie z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej ( Dz. U. z 2011r. Nr 41, poz. 214 ze zm.) stosuje się odpowiednio przepisy ww. ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r.  Ordynacja podatkowa.
Użyte w ustawie określenia oznaczają:
  -   organ kontroli skarbowej - organ podatkowy;
  -   postępowanie kontrolne - postępowanie podatkowe, o którym mowa w dziale IV ww. ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa;
-  kontrola podatkowa - kontrolę, o której mowa w dziale VI ww. ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r.  Ordynacja podatkowa.

Zgodnie z art. 125 Ordynacji podatkowej, organy podatkowe powinny działać w sprawie wnikliwie i szybko, posługując się możliwie najprostszymi środkami prowadzącymi do jej załatwienia. W związku z tą zasadą, ustawa określa w art. 139 terminy załatwiania spraw.  Załatwienie sprawy wymagającej przeprowadzenia postępowania dowodowego powinno nastąpić bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w ciągu miesiąca, a sprawy szczególnie skomplikowanej - nie później niż w ciągu 2 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania, chyba, że przepisy stanowią inaczej. W myśl art. 139 § 2 Ordynacji podatkowej, niezwłocznie / jednak nie później niż w ciągu miesiąca / powinny być załatwiane sprawy, które mogą być rozpatrzone na podstawie dowodów przedstawionych przez stronę łącznie z żądaniem wszczęcia postępowania lub na podstawie faktów powszechnie znanych i dowodów znanych z urzędu organowi prowadzącemu postępowanie.
Odwołania od decyzji wnosi się za pośrednictwem organu, który wydał kwestionowaną decyzję. Ma on obowiązek przekazać je wraz z aktami sprawy organowi odwoławczemu bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w ciągu 14 dni od dnia otrzymania odwołania.

Ordynacja podatkowa w art. 139 § 4 dodatkowo zastrzega, że do terminów załatwienia sprawy nie wlicza się:
•    terminów przewidzianych w przepisach prawa podatkowego dla dokonania określonych czynności,
•    okresów zawieszenia postępowania,
•    okresów opóźnień spowodowanych z winy strony,
•    okresów opóźnień wynikłych z przyczyn niezależnych od organu.
Organ podatkowy po przekroczeniu terminu do załatwienia sprawy nie traci prawa do rozpatrzenia sprawy i wydania decyzji. Jednak w razie przekroczenia terminu do załatwienia sprawy, organ podatkowy obowiązany jest, w myśl art. 140 Ordynacji podatkowej, zawiadomić stronę o przyczynach niedotrzymania terminu i zarazem wskazać nowy termin jej załatwienia. Ten sam obowiązek ciąży na organie podatkowym również w przypadku, gdy niedotrzymanie terminu nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu.
 Zgodnie z art. 141 Ordynacji podatkowej na niezałatwienie sprawy we właściwym terminie lub terminie dodatkowym / tj. ustalonym w trybie art. 140 /, stronie służy ponaglenie. Ponaglenie wnosi się do organu podatkowego wyższego stopnia czyli do Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej.
    Ponadto ogłoszona została ustawa z 3 grudnia 2010r. o zmianie ustawy Kodeks postępowania administracyjnego oraz ustawy - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi ( opublikowano w Dz. U. z 2011r. Nr 6, poz. 18 – ustawa weszła w życie po upływie 3 miesięcy od dnia ogłoszenia  ). Umożliwia ona składanie do wojewódzkiego sądu administracyjnego skarg na przewlekłość postępowania prowadzonego przez organy administracji publicznej.
Informacje gromadzone i przetwarzane w ramach kontroli skarbowej, w tym na podsta¬wie art. 7c i 7d ustawy o kontroli skarbowej, stanowią tajemnicę skarbową, z wyjątkiem informacji gromadzonych i przetwarzanych w zakresie, o którym mowa w art. 2 ust. 1 pkt 4-7 ustawy o kontroli skarbowej.
Akta kontroli i informacje z nich wynikające Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w Rzeszowie udostępnia na zasadach określonych w art. 34 a i b ustawy o kontroli skarbowej.

Z kolei przyjmowanie i załatwianie skarg i wniosków regulują przepisy:

1. Działu VIII (art.221-259) - ustawa z dnia 14 czerwca 1960 r. Kodeks postępowania administracyjnego (jednolity tekst Dz. U. z 2013 r., poz. 267).

2. Rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 8 stycznia 2002 r. w sprawie organizacji przyjmowania i rozpatrywania skarg i wniosków (Dz. U. z 2002 r.  Nr 5, poz.46).